朱棣雖然沒有趕得上跟隨父親朱元璋打天下，但建國后指揮平定北方邊患，對新政權的鞏固是立下汗馬功勞，也積累了豐富的作戰經驗。他見朝廷將50萬大軍交由李景隆指揮，不免大喜，對身邊人說：“昔日漢高祖劉邦只能帶兵10萬，李景隆是何等才能？朝廷這樣做，正好是在幫我，變相增強我的實力?！边@一年的冬天，朝廷軍隊果然被朱棣的燕軍打敗。
直到此時，建文帝才感到有點害怕了，“帝有懼色”，他深知自己的這位叔叔是個利害角色，不似其他幾位叔叔容易降服。建文帝騎虎難下，這“削藩”一事還能不能繼續做下去？
朱棣一邊把前來“削藩”的政府軍打得大敗，一邊又上書給建文帝，揭露齊泰、黃子澄二人的罪行。為了緩和矛盾，建文帝將齊、黃二人官職給罷免了，以表示對燕王意見的尊重，但實際上還是將二人留在京師，秘密參與朝政。此外，他還讓李景隆給燕王去信，意思是說，齊、黃二人已經被罷免流放了，你朱棣應該退兵了吧？
此時的朱棣，已經殺紅了眼，那里肯剎車罷休。加之他后來知道齊、黃二人根本沒有離開皇帝身邊，知道朝廷是在用“緩兵之計”，就索性加快了向南方進軍的速度。他要殺向京師，直至“清君側”、活捉“奸臣”為止。
當初準備“削藩”時，建文帝與齊泰、黃子澄商議，總以為集全國“六師”之軍力來降服一個藩鎮是很容易的事，等到朝廷軍隊被朱棣的燕軍屢屢打敗、北方大片國土被朱棣控制占有時，建文帝雖然有些懼怕后悔，但他是皇帝，占據輿論主導地位，竟下詔把責任全部推到幾位皇叔身上：“邦家不造，骨肉周親屢謀僭逆”，列數周王、齊王、湘王等圖謀篡逆的罪狀，同時表白自己與朱棣這位皇叔關系“最近”，沒有忍心去處治他，想不到他竟“稱兵構亂，圖危宗社”。朱棣這樣做，是對天地、對祖宗的犯罪，“義不容赦”。建文帝號召“中外臣民軍士”，要“懷忠守義，與國同心，掃茲逆氛，永安至治”。他向全國發出了戰爭動員令，更像是一道“勤王”令。
建文四年（1402年）六月，由于谷王朱橞及李景隆的投降，燕兵打進南京，占領了都城。在戰亂中，“宮中火起，帝不知所終”。建文帝“削藩”行動，終以被藩王反“削”而告終。
朱棣攻打進南京城后，下令安撫軍民，同時搜索逮捕齊泰、黃子澄、方孝孺等五十余人，榜其姓名曰“奸臣”。這時，齊泰早已化裝逃跑了。
齊泰平時都是騎一匹白馬，十分顯眼威風，京城人都知道。在逃跑時，齊泰害怕別人認出他，就想了個點子，把自己心愛的白馬用墨汁涂成“黑馬”?！昂隈R”馱著主人不斷奔跑，加之天氣炎熱，馬也容易出汗，很快，“黑馬”身上的墨汁開始被馬汗浸透，墨汁逐漸褪去，“黑馬”由開始的黑色變成了花白色，直至還原到原來的白馬顏色。老百姓們有人認出來了，就相互傳話說：“這是齊尚書的白馬呀！”消息很快傳了出去，齊泰就這樣被活捉、羈押了起來。
齊泰與黃子澄、以及寧死不為朱棣起草詔書的“天下讀書種子”方孝孺，被朱棣處死滅族，其他“坐奸黨死者甚眾”，朱棣終于實現了“清君側”目的，同時也把侄兒皇帝給順勢“削”掉了。
朱允炆前后只當了4年皇帝，他讓自己在自己發動的“削藩”內戰中度過了這4年，最后是血本無歸。如果當時按照齊泰的思路，直接從燕王朱棣下手，拿下朱棣，其他幾個藩王就不戰自敗，那么結局也不至于輸得這么快、這么慘。但黃子澄認為，周王、齊王、湘王、代王、岷王這些藩王，先帝朱元璋在世時就不安分守紀，枉法現象普遍存在，如果要問罪，就應該從這些人開始，尤其要先拿周王朱橚（sù）開刀，因為他是朱元璋的第五個兒子，又是燕王朱棣的胞弟；如果削掉了周王，就是卸掉了燕王的手足，使朱棣孤立無援。兩個書呆子一合計，就按照黃子澄的思路來實施，建文帝竟然也不與其他大臣商量，就貿然同意了這個計劃。
他們自以為這種先他王、后燕王的策略是高明的，實際上是犯了“打草驚蛇”的嚴重錯誤，反而給了最想削掉的藩王朱棣以更加充分的準備時間和理由。所以朱棣可以裝病，可以將自己的三個兒子從容從京城召回，可以在自己的王宮中暗伏800名勇士，可以堂而皇之地昭告天下，他要“清君側”了。
刀光血影是嚇不住久經沙場的燕王朱棣的，他所在的燕京就是當年元代大都，他曾經面對的敵人是強勁而又彪悍的北方游牧鐵騎。目前對付自己非常熟悉的政府軍隊，又何足懼哉！
建文帝的“削藩”舉動也曾遭到過大臣們的異議反對。據《明史》卷一百五十《楊砥列傳》，當時作為湖廣布政司參議的楊砥曾上書建文帝，指出：“帝堯之德始于親九族。今宜敦睦諸藩，無自剪枝葉?！毕Ｍㄎ牡巯驁蛩磳W習，與諸藩王和睦融洽相處，不要“自剪”同是一棵大樹上長出來的枝葉。但楊砥的意見沒有被采納。
應該說，建文帝開始削藩時，借助朝廷皇權威勢和政府軍力量，進展還算順利，也把朱棣給震懾了，所以只好謊稱自己得了重病了，飲食起居都很困難。一方面是為了麻痹皇上，一方面也有希望皇上放他一馬的意思。建文帝看了朱棣的書信后，也曾動過惻隱之心，覺得事情適可而止就行了，并且準備把朱棣“換防”到南方江西一帶當藩王。
在“削藩”進入決戰性階段，建文帝對齊泰、黃子澄二位說：“朕即位時間不長，就連連罷黜諸王，現在又要削弱燕王的力量，如何向天下人解釋呢？”
但齊、黃二人執意要繼續干到底，不能半途而廢。黃子澄說：“先人者制人，毋為人制”。意思是說，先下手為強，后下手遭殃。
建文帝卻堅持認為：“燕王智勇雙全，又善于用兵，現在雖然病了，但在短期內要想扳倒他是不現實的”。
齊、黃二人也覺得皇上說的也有道理。就這樣，建文帝親自發動的轟轟烈烈“削藩”行動，剛開始不久，又被他按下了“暫停鍵”，而不是一鼓作氣，將“削藩”進行到底。這再次暴露了建文帝“削藩”計劃是倉促上馬、漏洞百出、沒有通盤戰略考慮，把“削藩”這等流血死人、牽涉統治集團重大利益的大事視同兒戲一般，說“削”就“削”，說暫停就暫停。殊不知，自古“削藩”都是要以無數人的生命為代價的；殊不知，開弓是沒有回頭箭的。
作為朝廷最高決策層，作為一國之君，建文帝在決斷關涉國家穩定安全重大國策時，理應打一套組合拳，一鼓作氣干下去，切忌瞻前顧后，當斷不斷。正是因為“削藩”斷斷續續，導致夜長夢多，最后引火燒身，玩火者自焚。
燕軍在快要攻入南京城、打到龍潭的時候，建文帝曾派遣大臣去與諸王叔們談“割地”停戰一事，結果是，那些之前被他或罷免、或廢黜的藩王叔叔們都聚在了一起，“皆不聽”，堅決不理這一套，他們現在都聽“四哥”燕王的。
據《明史》卷一百五十一《茹瑺列傳》載：燕兵至龍潭時，建文帝派遣兵部尚書茹瑺及曹國公李景隆、都督同知王佐詣燕軍議和。茹瑺等見到朱棣后，“伏地流汗，不能發一言”。這些朝廷命官們見到燕王朱棣，竟然嚇得大氣不敢出、冷汗直冒。
朱棣卻很淡定地對他們說：“公等言即言耳，何懼至是?！币馑际钦f，你們有話就說嘛，至于害怕到這種程度嗎？言語中，充滿了蔑視，也充滿了霸氣。
久之，茹常他們才向朱棣表明奉詔割地講和一事。
朱棣聽后，哈哈大笑，說：“吾無罪而削為庶人，今救死，何以地為！且皇考封諸子，已各有分地矣。其縛奸臣來，吾即解甲謁孝陵歸藩?！币馑际钦f，我們本來就有已故父親給我們的封地，現在只要朝廷把奸臣們綁縛法辦了，我明天就去明孝陵祭拜一下父母亡靈，然后就回到北方自己的藩地。
茹瑺等“唯唯”頓首，還朝復命，但已經來不及有下文了。
燕軍勢如破竹，攻入南京城后，各城門很快全部被燕軍把守。朝廷大臣們，有許多人只好“縋城”逃亡，即用繩索從城墻上慢慢滑溜下來，狼狽不堪，據載，當時有40多位朝廷大臣就是這樣倉惶逃命的。
建文帝是否安全逃離都城南京，還是被皇宮中的大火給燒死，一直都有不同說法。《明史》卷一百四十三載，當金川門開啟時，一個“有道術”、名叫程濟的和尚從此出亡，“或曰帝亦為僧出亡，（程）濟從之，莫知所終?！彼?，建文帝的下落一直是個迷。據《恭閔帝本紀》，在滇、黔、巴、蜀一帶，“相傳有帝為僧時往來跡”。但朱棣在登基之前，還是煞有介事地舉行了“葬建文皇帝”儀式。大概是從被焚毀的皇宮中，找一具被燒得如碳灰一樣的殘骸來權且充當而已，以達到遮人耳目的政治目的。
1996年的11月中旬，我曾來到云南省楚雄州武定縣境內的獅子山，參加全國民俗學會議，利用會議期間進行了考察，發現那里有許多關于建文帝的傳說與遺跡。后來撰寫一文，曰《亦帝亦僧亦為仙 半史半野半相疑——明代建文帝的傳說及其歷史民俗》，發表在《東南文化》雜志1998年第三期上，收入我的《傳統與現代》一書中。
明代的這場“削藩”戰火由建文帝朱允炆引起，最終換來的卻是藩王朱棣的橫掃南北、攻占京師、奪取皇權。就在占領南京的建文四年（1402年）六月，朱棣在諸王群臣“上表勸進”下，在拜謁了明孝陵后，在奉天殿即皇帝位，是為明成祖。第二年改元“永樂”元年（1403年）。
值得注意的是，朱棣當皇帝后，完全不承認朱允炆執政的4年即“建文”年號，而是把這4年強行歸到“洪武”年號名下，將“建文四年”改作“洪武三十五年”。
洪武大帝朱元璋已經于洪武三十一年駕崩，“洪武”年號自行消亡，并且已由“建文”年號連續。朱棣為了徹底抹去朱允炆的皇帝生涯，達到徹底否定、全盤推翻目的，竟然枉顧歷史，借來“亡靈”以達到他的政治報復目的。在七月于南郊“大祀天地”后，朱棣下詔曰：“今年以洪武三十五年為紀，明年為永樂元年。建文中更成法，一復舊制?！卑呀ㄎ牡鄣?年給一筆勾銷，從而徹底否定朱允炆政權的合法地位與實際存在，企圖讓歷史承認他是從父皇手中接過的皇位，而不是從侄兒手中搶奪來的皇位。這種為自己皇位“正名”的手段之拙劣，可能當時朝野會出現噤若寒蟬現象，但卻令后人可笑，歷史也是不會承認的。
到了清朝乾隆元年，清朝政府為建文帝朱允炆上謚號為“恭閔惠皇帝”。所以在清代人張廷玉等編撰的《明史》中，建文帝朱允炆的內容是以《恭閔帝本紀》名稱出現，并且堅持還原并承認朱允炆的4四年皇帝生涯，還歷史以公道與真實，藩王朱棣企圖全盤否定建文帝的陰謀終究不能得逞。
縱觀中國歷史，“削藩”是因諸侯王藩鎮勢力太強、對朝廷中央政權產生威脅而起。明朝的“削藩”是在朝廷沒有準備好、諸藩王又沒有對中央政權造成威脅的情況下進行的，是建立在建文帝朱允炆一己之狹隘的皇權尊嚴基礎上，沒有經過精密籌劃，所以注定要失敗。
“削藩”成功與否，都要通過戰爭，以無數人的流血犧牲來收場。漢景帝的削藩，引起“吳楚七國”叛亂。吳王劉濞率先打出“請誅晁錯，以清君側”旗號，聯合其他六路藩王造反。朝廷雖然誅殺了提出“削藩”主張的晁錯，但也沒有避免戰事的爆發。歷時三個月戰事，吳王劉濞被殺，叛亂才算平定。從此，漢景帝免除了諸侯藩王的行政權和官吏任免權，削減了王國官吏，規定諸侯王不再治民，從而進一步加強鞏固了中央集權統治。應該說，漢景帝的“削藩”雖然付出了代價，但換來了“文景之治”，結局是成功的。
之后的唐代代宗、德宗、憲宗、穆宗朝都在做 “削藩”文章，但因為“節度使”制度的存在，為藩王做大做強提供了先決條件，“藩鎮”幾乎是一個獨立王國。朝廷雖屢次“削藩”，但最后仍然是不成功，李唐王朝最終也被藩鎮朱全忠所取代，歷史進入“五代”時期。
清康熙帝也曾“削藩”，但引發了“三藩之亂”，歷時八年才平定，從此，清朝實行中央政權對地方的垂直管理。這種中央集權式管理，對后起政權有啟發作用，也算是“削藩”換來的一點歷史經驗和教訓吧。
朱元璋建立明朝后，為保證大明國祚綿長，親自設計、制定了多項重要政策，并以“寶訓”的形式固定下來，要求后代子孫嚴格遵守，其中分封“宗藩”就是一項重要國策。朱元璋先后于洪武三年(1370年)四月、洪武十一年(1378年)正月、洪武二十四年(1391年)四月，三次共封25人(24子和1個從孫)為藩王，分鎮全國各地。據《明太祖實錄》，朱元璋認為，“天下之大，必建藩屏，上衛國家，下安生民。今諸子既長，宜各有爵封，分鎮諸國”。朱元璋本意是要以自家血脈宗親來構建起龐大的藩鎮網絡體系，以永葆朱明江山穩固。誰知禍起蕭墻，由“皇太孫”成長起來的建文帝自導自演的“削藩”行動，最后以他自己被藩王反削、直至難覓生死蹤影而收場。
歷史再次告訴人們，“削藩”有風險，“削藩”需謹慎，“削藩”與“反削”是封建社會的一對死結，只有隨著封建帝制的徹底消亡才宣告它的真正終結。
束有春
2020年9月1日于金陵四合齋
